泰雅族人對於本族的起源有多種傳說，大致上多認為發源地在南投縣或大霸尖山一帶。屬於泰雅族的司馬庫斯人，根據耆老的口述裡，自認祖先來自南投縣仁愛鄉 Pinsbkan（今瑞岩部落），在大霸尖山附近的 Quri Sqabu 分散（現今的泰雅族人稱分散地：思源啞口），這裡是北台灣的至高點，從高處望去，可以見到各個不同的流域，族人再分別往北、東、等不同方向遷徙，其中一支到達今日塔克金溪左岸的鎮西堡、新光一帶，並繼續擴展至泰崗、秀巒、田埔等地，這群人被稱為 Knazi；另一支則朝今天塔克金溪右岸的司馬庫斯一帶前進，並繼續向北擴展至今玉峰、那羅一帶，形成 Mrqwang 支族。因此司馬庫斯與同屬 Mrqwang 的玉峰、那羅等地關係較近，與僅一河之隔、屬於 Knazi 的新光部落反而關係較遠。Knazi 以及 Mrqwang 之間甚至曾在日治時期爆發戰爭。
至於司馬庫斯地名的由來，據部落耆老口述，是為了紀念一位名為 Mangus（馬庫斯）的祖先，Smangus（司馬庫斯）則是對於這位祖先的尊稱。
在日治時期和 Knazi 戰爭平息之後，司馬庫斯族人被強迫離開原居地，部份族人往北繞過 Kanan Noro（玉峰山）始遷徙至抬耀部落，後來並配合日人政策而集體遷往新樂村 Rahaw（拉號）部落、Slaq（鳥嘴）部落。
日本人退出台灣之後，原司馬庫斯居民開始遷回原居地，無人居住的司馬庫斯部落自此又開始建立起族人的家屋和農地。位於深山的司馬庫斯對外交通不便，生活較為艱苦，但能回到祖先所居住的地方，對於族人具有重要的意義。